Fue hijo bastardo del ilustre hidalgo -hábito de Alcántara- don Juan de Porres, Tuvo don Juan dos hijos, Martín y Juana, con la mulata Ana Vázquez, Martín nació mulato y con cuerpo de atleta el 9 de diciembre de 1579 y lo bautizaron, en la parroquia de San Sebastián, en la misma pila que Rosa de Lima.
La madre lo educó como pudo, más bien con estrecheces, porque los importantes trabajos de su padre le impedían atenderlo como debía. De hecho, reconoció a sus hijos sólo tardíamente; los llevó a Guayaquil, dejando a su madre acomodada en Lima, con buena familia, y les puso maestro particular.
Martín regresó a Lima, cuando a su padre lo nombraron gobernador de Panamá. Comenzó a familiarizarse con el bien retribuido oficio de barbero, que en aquella época era bastante más que sacar dientes, extraer muelas o hacer sangrías; también comprendía el oficio disponer de yerbas para hacer emplastos y poder curar dolores y neuralgias; además, era preciso un determinado uso del bisturí para abrir hinchazones y tumores. Martín supo hacerse un experto por pasar como ayudante de un excelente médico español. De ello comenzó a vivir y su trabajo le permitió ayudar de modo eficaz a los pobres que no podían pagarle. Por su barbería pasarán igual labriegos que soldados, irán a buscar alivio tanto caballeros como corregidores.
Pero lo que hace ejemplar a su vida no es sólo la repercusión social de un trabajo humanitario bien hecho. Más es el ejercicio heroico y continuado de la caridad que dimana del amor a Jesucristo, a Santa María. Como su persona y nombre imponía respeto, tuvo que intervenir en arreglos de matrimonios irregulares, en dirimir contiendas, fallar en pleitos y reconciliar familias. Con clarísimo criterio aconsejó en más de una ocasión al Virrey y al arzobispo en cuestiones delicadas.
Alguna vez, quienes espiaban sus costumbres por considerarlas extrañas, lo pudieron ver en éxtasis, elevado sobre el suelo, durante sus largas oraciones nocturnas ante el santo Cristo, despreciando la natural necesidad del sueño. Llamaba profundamente la atención su devoción permanente por la Eucaristía, donde está el verdadero Cristo, sin perdonarse la asistencia diaria a la Misa al rayar el alba.
Por el ejercicio de su trabajo y por su sensibilidad hacia la religión tuvo contacto con los frailes del convento dominico del Rosario donde pidió la admisión como donado, ocupando la ínfima escala entre los frailes. Allí vivían en extrema pobreza hasta el punto de tener que vender cuadros de algún valor artístico para sobrevivir. Pero a él no le asusta la pobreza, la ama. A pesar de tener en su celda un armario bien dotado de yerbas, vendas y el instrumental de su trabajo, sólo dispone de tablas y jergón como cama.
Llenó de pobres el convento, la casa de su hermana y el hospital. Todos le buscan porque les cura aplicando los remedios conocidos por su trabajo profesional; en otras ocasiones, se corren las voces de que la oración logró lo improbable y hay enfermos que consiguieron recuperar la salud sólo con el toque de su mano y de un modo instantáneo.
Revolvió la tranquila y ordenada vida de los buenos frailes, porque en alguna ocasión resolvió la necesidad de un pobre enfermo entrándolo en su misma celda y, al corregirlo alguno de los conventuales por motivos de clausura, se le ocurrió exponer en voz alta su pensamiento anteponiendo a la disciplina los motivos dimanantes de la caridad, porque "la caridad tiene siempre las puertas abiertas, y los enfermos no tienen clausura".
Pero entendió que no era prudente dejar las cosas a la improvisación de momento. La vista de golfos y desatendidos le come el alma por ver la figura del Maestro en cada uno de ellos. ¡Hay que hacer algo! Con la ayuda del arzobispo y del Virrey funda un Asilo donde poder atenderles, curarles y enseñarles la doctrina cristiana, como hizo con los indios dedicados a cultivar la tierra en Limatombo. También los dineros de don Mateo Pastor y Francisca Vélez sirvieron para abrir las Escuelas de Huérfanos de Santa Cruz, donde los niños recibían atención y conocían a Jesucristo.
No se sabe cómo, pero varias veces estuvo curando en distintos sitios y a diversos enfermos al mismo tiempo, con una bilocación sobrenatural.
El contemplativo Porres recibía disciplinas hasta derramar sangre haciéndose azotar por el indio inca por sus muchos pecados. Como otro pobre de Asís, se mostró también amigo de perros cojos abandonados que curaba, de mulos dispuestos para el matadero y hasta lo vieron reñir a los ratones que se comían los lienzos de la sacristía. Se ve que no puso límite en la creación al ejercicio de la caridad y la transportó al orden cósmico.
Murió el día previsto para su muerte que había conocido con anticipación. Fue el 3 de noviembre de 1639 y causada por una simple fiebre; pidiendo perdón a los religiosos reunidos por sus malos ejemplos, se marchó. El Virrey, Conde de Chinchón, Feliciano de la Vega -arzobispo- y más personajes limeños se mezclaron con los incontables mulatos y con los indios pobres que recortaban tantos trozos de su hábito que hubo de cambiarse varias veces.
El santo de la escoba fue canonizado por el Papa Juan XXIII el 6 de Mayo de 1962 con las siguientes palabras del Santo Padre:
"Martín excusaba las faltas de otro. Perdonó las más amargas injurias, convencido de que el merecía mayores castigos por sus pecados. Procuró de todo corazón animar a los acomplejados por las propias culpas, confortó a los enfermos, proveía de ropas, alimentos y medicinas a los pobres, ayudo a campesinos, a negros y mulatos tenidos entonces como esclavos. La gente le llama ‘Martín, el bueno’."
Sus restos descansan en la Basílica de Nuestra Señora del Rosario de Lima junto a los de Santa Rosa de Lima y a los de San Juan Macias.